DNA鑑定専門会社は、主に裁判所や弁護士などからの委託でDNA鑑定業務を行っています。しかし、自社で専用の検査施設を持っている企業は少なく、ほとんどの企業が米国にDNA鑑定検査を委託しています。また、DNA保存業務などのサービスを提供する、DNA保存サービス業も併せて行っている会社もあります。
DNA鑑定のサンプル取得は、依頼人にキットを郵送し、個人が自ら口腔粘膜などを採取したものを、郵送で返信してもらう方法が多いです。裁判所に鑑定結果を提出する検査の場合は、社員立会いの下で、DNA鑑定サンプルを採取します。DNA鑑定検査は、ほとんどのDNA鑑定会社では実施せずに、米国のDNA鑑定検査会社などに委託しています。
国内のDNA鑑定会社の多くは受付窓口の役割を行っているだけで、DNA情報の保護という意味では、米国のDNA鑑定検査会社がどのように業務を行っているかが大きな問題です。米国の委託を受けている会社は比較的大手の検査会社で、このような大手の会社はガイドラインを定めて、法令を遵守して業務を行っています。
日本国内には、DNA保存サービスを提供する会社が数社あります。個人のDNAを保管するのが一般的ですが、個人がDNAを家庭で保管するときに役立つ商品（保管容器など）を販売している会社もあります。
葬儀会社の中には、DNA保存サービスを行っている企業もあります。個人のDNAが格納された位碑などを販売することもしています。葬儀社のDNA保管サービスは、遺族からの依頼により故人のDNAを保存するというものが多いです。このとき、葬儀を行う葬儀社からDNA保管ができる葬儀社にDNAサンプルが委託されることもあります。
（経済産業省「個人遺伝情報の取扱いに関するアンケート調査」より）